103系は大量に製造されたことからJR化から20年を迎えた2007年4月時点でもまだ600両近くが在籍していた。大半は老朽廃車であるが、一部事故廃車がある。
国鉄時代
1970年5月20日に根岸線新杉田-洋光台間で下り列車が土砂に乗り上げ、前2両のクハ103-548とモハ102-169が大破した。その後この2両は1971年3月27日付けで廃車となった。モハ102-169とペアを組むモハ103-105は整備の上新たに製造されたモハ102-445とペアを組み復帰した。(窓枠が異なる車両同士でのユニット)
JR東日本
1988年12月5日に中央緩行線東中野駅構内に停車中の103系10両編成に後続の201系10両編成が追突し、103系の後ろ9両(クハ103-277・モハ103-334・モハ102-490・サハ103-326・モハ103-21・モハ102-21・サハ103-327・モハ103-336・モハ102-492)が中間車の8両が再起不能となって1989年3月23日付けで、被害が少なかったクハ103-277が同年7月25日付けで廃車となった。
JR西日本
1994年8月3日に福知山線三田-新三田間で上り列車がトラックと衝突し、前方先頭車であるクハ103-839が大破した。その後同年8月10日付けで廃車となった。