黒の組織が壊滅して解毒薬が完成するとコナンは新一に戻り灰原哀とメアリー世良も元の姿に戻った。
それぞれ元の日常に戻るが宮野志保は組織に所属してた経歴から警察に逮捕された。周囲は彼女が自由に生活できることを願ったが、有罪判決が下って刑務所で服役することとなった。
毒薬は自分で望んで作ったわけじゃない、組織に作らされた私はむしろ被害者だ。そう思う志保は世の中の理不尽さと新一への思いから脱獄を決意した。
看守の目を盗みながらトンネルを掘り続けるとついに外に繋がり見回りが来る前に脱獄に成功したのだった。
一方新一は蘭と二人で街を歩いていた。
「この前囚人が脱獄して殺人事件を起こしたらしいね。」
「俺も気を付けねえとな。」
「危ない時は私が守ってあげるよ。」
他愛ない会話を楽しみながらデートを楽しんでいると突然目の前で爆発が起きた。身の危険を感じた二人はその場を引き返すが何者かが新一の手首をつかんだので振り返るとそこには血の付いた刃物を持った志保がいてすでに何人も殺してるような目をしていた。
「なんでお前がここにいんだよ。」
新一が問いかけると志保はこう答えた。
「私はどうしても工藤君が欲しい。だから刑務所から逃げて蘭さんからあなたを奪いに来たのよ！」
あまりに身勝手な言動に新一は怒りを感じていた。
「バーロー！誰がお前なんかに乗せられるか！この世界の誰よりも蘭を愛する俺が他の女に手を出すような真似は絶対にしねえよ！！」
「私が作った解毒薬で元に戻してやったのに随分恩知らずね。だったら纏めて殺すまでよ！！」
志保は血の付いた刃物で新一を刺し殺そうと襲い掛かると蘭がへし折った。追い詰められた志保はどこからか爆弾を取り出して投げつけると二人は急いで逃げた。爆弾はすさまじい威力で爆発して二人は茫然とした。
(速いとこ何とかしねえと大変なことになるな。)
そう思った新一は志保に向けて麻酔銃を放つが投げてきた爆弾に弾かれた。一か八か新一は飛んできた爆弾を蹴り返すと志保に直撃して爆発した。黒焦げになった志保は自暴自棄になって喚き散らすが駆け付けた警察にその場で逮捕された。犯行の動機は自分と蘭の境遇の違いから新一を振り向かせる目的で無差別殺人と爆破テロを実行した後蘭も殺害するつもりだったということだ。
後日新一と蘭はデートを楽しんでいた。
「そういえばこの前この世界の誰よりも愛するとか言ってたよね。まさか新一がそう言ってくれるなんて夢にも思わなかったよ。」
「あったりめーだ。俺はいつか蘭と結婚して家庭持つのを夢見てるからよ。これからもずっと一緒だ。」
蘭は新一に寄りかかると抱き寄せられて二人はいい感じになっていた。
一方再逮捕された志保は裁判の結果脱獄と殺人と爆破テロで死刑を求刑された。彼女は控訴しようとしたが阻まれてすぐに執行された。その後遺骨は引き取り手がなかったので共同墓地に埋葬された。
終わり