黒の組織が壊滅して解毒薬が完成するとコナンは新一に戻り灰原哀とメアリー世良も元の姿に戻ったが組織にいた志保は逮捕されて間接的な毒殺容疑で死刑を求刑された。彼女は控訴したが二審も死刑になりそのまま拘置所に収監された。
周りは幸せになってるのに自分だけ組織の元メンバーという理由で殺されようとしてる理不尽さに納得できない志保は看守の目を盗んではトンネルを掘り続けて脱獄に成功した。
外に出た志保は爆薬を作って男子刑務所を爆破させるとジンやウォッカなどを従えて無差別殺人を犯した。
一方新一と蘭は公園でのんびりしていた。
「今日も平和だな。」
「そうね。」
他愛ない会話をしていると突然爆発が起きた。危険を感じてその場を離れると通行人の死体が相次いで発見された。
そんな中でも爆発は続くと二人の前にジンとウォッカが現れると二人は群衆に囲まれた。
新一と蘭は何とか群集を退けてくが数が多すぎて体力を消耗しつつあった。そこに園子に会いに来ていた京極真が駆けつけて雑魚兵を倒しきるとジンとウォッカも倒したのだった。
敵を倒して一息つくが新一は何かを察知して伏せろと言った。
その直後に突然マシンガンの乱射が発生した。止まった直後に目を向けるとそこにはマシンガンを持った志保がいた。
「なんで死刑囚のお前がここにいるんだ？」
新一が困惑する中志保は言った。
「私を不幸に陥れた工藤君に復讐して幸せそうなやつを皆殺しに来たのよ」
志保は再びマシンガンを乱射した。このままではどうすることもできないので弾切れになるまで伏せ続けた。
やがて弾切れになったところで京極真が仕留めようとしたら返り討ちにされた。
「うそ、あの京極さんが・・・」
新一や蘭が唖然とする中志保はその理由を明かした。
「脱獄後に不死身になれる薬を作って投与したから何しても無駄よ。」
不死身になれば死刑執行が不可能になる、そう考えた新一は麻酔銃で眠らせようとしたが銃口で阻まれた。
調子に乗った志保は蘭を人質に取った。
「この女と早く別れて私と結婚しろ！」
「この女だと？俺の蘭にどんな口きいてやがんだ！！」
新一は蘭を志保から引き離そうとするが志保に蹴り飛ばされた。それを見た蘭は志保を返り討ちにした。
「私の新一に何すんのよ！たとえ哀ちゃんでも新一に危害を加える人は許さないわよ！！」
啖呵を切る蘭に志保は不敵な笑みを浮かべながら取り出したスイッチを押した瞬間次々と爆発が発生した。
「全員くたばれ！」
志保はそう言うとスイッチを押し続けた。仕掛けられた爆弾は全部爆発したがこれ以上警察だけでは対応しきれないと判断した警視庁は自衛隊を出動させた。
陸上自衛隊の戦車が志保を取り囲むと一斉に砲撃したが傷一つなく立っていた。すると志保はいつの間に作ったのか爆弾を取り出すと戦車に向けて投げつけた。
「私の邪魔する奴は全員くたばれ！！」
飛んでくる爆弾を大砲で迎撃した。激しい爆発の連続で辺りは戦場と化していた。もうだめかと思った時志保の息が乱れ始めた。
きっと薬の効果が切れてきたに違いない。そう確信すると再び大砲で一斉に砲撃した。
攻撃を受けた志保は倒れると一台の戦車に踏み潰された。一人の死刑囚が巻き起こした脱獄劇はあっけなく幕を下ろしたのだった。
数日後、新一と蘭は公園でのんびりしていた。
「そういえばあの時俺の蘭って言ってたよね。あれって何のことなの？」
蘭の問いかけにしばし固まる新一だったが
「そりゃ蘭は俺のに決まってるだろ。それに俺は結婚だって考えてるし私の新一って言った時思わず照れちまったぜ。」
「結婚も考えてるのね。いつか二人で家庭を築きたいね。」
二人はいい感じになりながら将来の結婚を約束したのだった。
終わり