黒の組織が壊滅して解毒薬が完成するとコナンは新一に戻り灰原哀とメアリー世良も元の姿に戻った。やがて新一と蘭は帝丹高校卒業後は大学を経て探偵事務所を設立すると結婚した。
一方志保は毒薬を開発してたことと間接的な毒殺で逮捕されて無期懲役を求刑された。彼女は控訴しようとしたが阻まれてそのまま服役した。
そんなある日新一と蘭が結婚したことを偶然知った志保は世の中への怒りから看守の目を盗んではトンネルを掘り続けると脱獄に成功した。
結婚式を終えた新一と蘭は幸せな新婚生活を送っていた。そんなある日二人は仕事で別行動をとってると新一は謎の女に、蘭は謎の男に誘われた。ただならぬ危機感を感じた二人はすぐに合流すると謎の二人も追ってきたので蘭が二人を撃退した。
「何だったんだあいつら。」
「私も心当たりないから気味悪いわね。」
二人が困惑すると一人の女が現れた。
「チッ失敗したか。」
彼女の正体は志保だった。
「何が失敗なんだ？」
「別れさせ屋利用してお前らを別れさせようとしたのよ。」
「お前、何で服役中のお前がここにいんだよ！」
「あんたの幸せ奪いに来たのよ！私は毒殺を理由に一生刑務所なのにてめえらは私を差し置いて自分たちだけ幸せになるのが気に食わないから道連れにしてやるんだよ！！」
そう言うと志保はどこかで奪った刃物を取り出すと新一に襲い掛かるが蘭に撃退された。それでも抵抗するが駆け付けた警官に拘束されると警察に再逮捕された。
その後蘭は子供を身ごもりやがて出産すると新たな生活が始まった。子育てが始まった工藤家はこれからも幸せな日常が続くことだろう。
一方再逮捕された志保は死刑を求刑されてすぐに惨殺された。
終わり