黒の組織が壊滅して解毒薬が完成するとコナンは新一に戻り灰原哀とメアリー世良も元の姿に戻った。やがて新一と蘭は帝丹高校卒業後は大学を経て探偵事務所を設立すると結婚した。
夫婦になって初めての正月を迎えた二人は初詣に出かけた。新一は黒の紋付を着て蘭は晴れ着を着ていた。今年も幸せな一年を送れるよう願った時境内では次々と参拝客が斬りつけられていた。
状況を見た蘭はすぐに警察と救急車に通報した。新一は境内を見るとそこには刑務所で服役してるはずの志保が血の付いた刃物を持って立っていた。
「なんでお前がここにいるんだよ。」
「私は逃げてきたのよ。周りはみんな幸せになってるのに私だけ組織の元メンバーと毒薬の開発者という理由で一生刑務所で働かされてんのよ！みんな私の道連れになればいいんだよ！！」
志保はそう言うと刃物で新一に襲い掛かった。何とか避けたい新一だが後ろに蘭がいるので自分が避ければ彼女が刺されてしまう。刺される寸前に新一は志保の腕を掴んだ。
「脱獄してこれ以上罪を重ねても自滅するだけだ。なんも得しねえぞ。」
「うるさい死ね！くたばれ！！」
志保は腕を掴まれてもなお新一を刺し殺そうと力を込めた。それを見た蘭はとっさに新一が掴んでる手に持ってる刃物をパンチで落とすと二人で志保を押さえつけた。
やがて警察が駆け付けると志保は連行されていった。
その後蘭の妊娠が発覚して子供が生まれると工藤家は新たな生活が始まった。子育てが始まった工藤家はこれからも幸せな日常が続くことだろう。
一方再逮捕された志保は処刑場に連行されると全身を切り刻まれて死亡したのだった。
終わり