黒の組織が壊滅して解毒薬が完成するとコナンは新一に戻り灰原哀とメアリー世良も元の姿に戻った。元の姿に戻った新一は帝丹高校に復学して無事に卒業すると大学を経て探偵事務所を設立すると蘭と結婚した。周囲の人々も平穏な日常生活を送っていた。ただ一人を除いて・・・
とある刑務所ではショートカットの茶髪の女性が刑務作業に勤しんでいた。その人物は宮野志保でかつて灰原哀として生活していたが組織で毒薬を開発してたという経緯柄元に戻った後警察に逮捕されて無期懲役で服役していた。そんなある日新一と蘭が結婚したことを知って彼らへの嫉妬心から脱獄したのだった。
一方新一と蘭が経営する探偵事務所には人探しの依頼が複数入っていてどこにいるのか調べていると次々と遺体となって発見された。被害者に共通することはなく犯行は無差別であることと一人の遺体の手の先にはダイイングメッセージが残されていてカタカナでチャパツ・シホ・ダツゴクと書かれていた。さらに遺体の人差し指から志保の指紋が検出されてダイイングメッセージは犯人が書かせたことから犯人は脱獄した志保の犯行と断定できた。
きっと志保はまだ近くにいると考えた新一は周囲を警戒した。すると突然悲鳴が聞こえたので駆けつけると志保が通行人を切りつけていたので一斉に取り押さえようとしたが志保はスタンガンを持っていて蘭や警察を一斉に気絶させた。
何とか新一はスタンガンを奪うと怒りの形相で問い詰めた。
「オメー命を何だと思ってんだ！失われた命は戻らねえんだぞ！数えきれないほど殺人現場に遭遇してんだからわかるだろ！」
「どの命もいつかは尽きるものよ！それが早まっただけでなんでそんなこと言われなきゃならないのよ！私はただ工藤君に振り向いてほしくて蘭も殺そうと思ってただけなのよ！！」
「何考えてんだオメーは！！俺はまだしも蘭に傷一つ負わせたらオメーだろうと容赦しねえからな！！」
新一はスタンガンを志保に当てて気絶させると麻酔銃で眠らせた。そして蘭と警察を起こすと志保は警察に連行されていき取り調べが終わると処刑場でダイナマイトを括り付けられて爆殺された。
その後新一と蘭は子供を授かって新たな生活が始まったのだった。
終わり