黒の組織が壊滅してコナンは新一に戻り灰原哀とメアリー世良も元の姿に戻った。新一とメアリーは元の生活に戻ったが灰原は元の姿に戻った後消息を絶った。
帝丹高校に復学した新一は蘭やクラスメイトとの青春を満喫していたが探偵団のことも気になっていた。
「あいつら元気でやってっかな。」
「探偵団のこと？きっと元気にやってるよ。」
一方探偵団は変わらず帝丹小学校に通う生活を送っているがコナンこと新一と会える時間が減ったことに寂しさを覚えていた。
そんなある日、新一は蘭と街を歩いていると妙な胸騒ぎを覚えたので困惑する彼女と何処かへ向かった。同じころ探偵団は不審なグループに遭遇してこっそり観察をしていると見つかってしまい犯人の一人が皆殺しにしようと襲い掛かってきた。コナンも灰原も博士もいない状況ではどうすることもできずこのまま殺されると思った時だった。
襲い掛かってきた犯人は突然倒れるとそのまま眠った。探偵団が振り返るとそこには新一と蘭がいた。仲間の犯人たちは新一に襲い掛かるが蘭がまとめて返り討ちにした。やがて犯人たちは警察に逮捕されると強盗殺人や複数の余罪が発覚して闇バイトのグループと判明した。
再会した5人はその後ショッピングモールで休日を過ごしたのだった。
一方何処かの山奥で地面の中から異臭がしたので駆けつけた警察が掘り起こすと身元不明の遺体が出てきた。その日の夜になるとニュースで放送されたのだった。
「今日昼過ぎ○○県○○市の山奥で性別不明の遺体が発見されました。通行人から地面の下から異臭がすると通報を受けて警察が掘り起こすと中から身元も性別もわからないほど損傷した遺体が発見され、行方不明の宮野志保さんとの関連を調べています。」
終わり